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集群常用操作 ​

qsub提交任务+PBS常用操作 ​

  • 直接给出提交作业脚本batch.dat文件 batch.dat文件

    bash
    -q test #这个不变就可以了  q:queen序列
-N *** #可以自行修改
#nodes：需要申请的节点数
#ppn：每个节点上需要申请的CPU数
#总核数=nodes×ppn

  • 对于NIMROD计算

    • 总核数是 nxbl×nybl×nlayers的公约数
    • 总核数是nlayers的倍数
    • 设置好之后保存退出，命令行输入qsub batch.dat

  • PBS常用操作

    • PBS（Portable Batch System）是一种广泛应用于高性能计算（HPC）领域的作业管理系统，主要用于管理和调度计算资源。它支持批处理作业、交互式作业以及并行作业（如MPI、PVM等），能够高效地分配和控制计算任务。
    • 常用命令
      bash
      qsub 文件名.pbs/sh #(提交任务)

qstat #(列出状态)

qdel jobid #(取消任务)；删除自己上传上去的任务：qdel +任务id，eg：qdel 29843

showq #展示终端计算机上目前运行、排队的情况
# idle jobs 等待当中的作业；PROC：用了16个核；WCLIMIT：等待时间一天；QUEUETIME：提交算例时的时间

ssh 某节点 #(转到某节点) 
# 在hpc上 ssh node1或者node2 3 4 5 6就可以登录到节点上面计算
# 如果不qsub，也不ssh nodex，那就是在自己的登录节点上计算，这样有可能影响到别人的登录，会卡顿等等
# 所里大集群交作业ssh -Y -C mu01
    • 其他命令
      bash
      pbsnodes #(查看所有节点，有几个，叫什么)
pbsnodes-l free #(查看空闲节点)
pbsnodes某节点 #(查看某节点状态)
exit #(离开节点)
qstat -q #(列出队列)
qstat -n #(列出队列中使用的节点）
qstat -f jobid #(查看jobid任务的详细信息)
      • 其中qstat：用于查询作业状态信息
        • 命令格式：qstat[-fl][-al][-il][-n][-s][-R][-Q][-q][-B][-u]
        • 参数说明：
      -f jobid列出指定作业的信息
-a 列出系统所有作业
-i 列出不在运行的作业
-n 列出分配给此作业的结点
-s 列出队列管理员与scheduler所提供的建议
-R 列出磁盘预留信息
-Q 操作符是destinationid，指明请求的是队列状态
-q 列出队列状态，并以alternative形式显示
-au userid 列出指定用户的所有作业
-B 列出 PBS Server 信息
-r 列出所有正在运行的作业
-Qf queue 列出指定队列的信息
-u 若操作符为作业号，则列出其状态。若操作符为destinationid，则列出运行在其上的属于user_list中用户的作业状态。

screen后台执行 ​

  • 提交作业【在关闭本地电脑的情况下，远程服务器仍然工作】

  • 语法：screen -S screen-name

  • eg:screen -S fyma_test1
  • Ctrl+a+d 暂时先离开，但是这个计算还是在继续
  • Ctrl+d 杀死/停止这个计算（有点类似于Ctrl+c）

【还要补充截图】

tmux后台执行 ​

【还要补充】

其他常用命令 ​

1.tail ​

  • 提交任务之后显示一些信息
  • tail -f nimrod.out（相当于之前拿./nimrod-ser输出的那些信息）

2. sensors：查看集群温度 ​

3. last -n 10：查看最近登录的十个人 ​

4. users：查看正在登录的用户 ​

5. 查看内存 ​

  • du -sh 查看本目录下面的总内存
  • df -h 查看集群各个盘的内存大小